Инкерман - знаменитый пригород Севастополя, здесь добывают инкерманский камень - плотный белый известняк, который используют для облицовки зданий. Добывали этот камень с незапамятных времен, поэтому в скалах образовалось множество катакомбов и пещер. Именно здесь, в Монастырской и Загайтанской скалах, в средние века возник пещерный монастырь. Он хорошо виден со стороны трассы Севастополь-Симферополь.
Церковное предание связывает основание монастыря с именем святого Климента - римского епископа с 92 по 101 год. Святой Климент родился в богатой семье, его отец Фавст был римским сенатором, а мать Матфидия находилась в родстве с царями. Но с юных лет он узнал, что такое горе и лишения. В далеком путешествии пропали его братья и мать. Отец отправился на поиски семьи и тоже исчез. Тяжело пришлось осиротевшему Клименту в Риме, решил он отправиться в путь в надежде отыскать своих родных. В Александрии встретил апостолов Павла и Варнаву, которые рассказали о Спасителе и Его учении. Климент всем сердцем принял веру Христа и сам понес Слово Божье, он учил: "Поклоняться надо Творцу, а не творению и не твари".
За неповиновение и непочитание римских богов Император Траян (98-I17) Климента в каменоломни в окрестностях Херсонеса. К тому времени в Херсонес уже было сослано около 2000 христиан. Они объединились вокруг Климента, в котором почувствовали огромную духовную силу, которую не мог сломить доже тяжелый труд. Предание рассказывает, что в каменоломнях не было питьевой воды, но благодаря усердным молитвам епископа среди камней забил родник.
Правителям Херсонеса не нравилась деятельность святого Климента, поэтому его решили казнить. На шею святому привязали тяжелый якорь и бросили на дно моря в Казачьей бухте. Так в 101 году погиб епископ Климент, но через год море отступило и в подводном гроте люди увидели останки праведника. Каждый год в день смерти святителя приходили христиане к месту казни и по обнажившемуся дну шли поклоняться святым мощам. Однажды маленький мальчик замешкался и остался в гроте, а море сомкнуло свои волны. Долго горевали родители, через год пришли они забрать тело своего сына. Но каково же было их удивление, когда увидели его живым и здоровым. Мальчик рассказал, что спас его седой старец, по описанию он был очень похож на святого Климента.
Морской отлив позволял приходить к святым мощам до VI века, затем на маленьком островке посреди бухты была построена церковь, предание утверждало, что построена она руками ангелов. В 861 году в Херсонес прибыли святые братья Константин (Кирилл) и Мефодий, часть мощей перевезли в Рим, где они хранятся и по сей день в базалике святого Климента.
Мощи святого Климента оставались и в Херсонесе до X столетия. После крещения князь Владимир испросил себе в благословение от местного епископа честную главу и часть мощей святого Климента и перевез их в Киев.
Островок в Казачьей бухте существует до сих пор (ныне это территория воинской части). Многие ученые и исследователи Крыма видели здесь остатки храма. В 1793 году П. Паллос снял план и сделал описание, в 1890 году на острове побывал археолог К. Косцюшко-Валюжинич. Он обнаружил несколько помещений, окруженных небольшим двориком, и часовню.
А в бывших каменоломнях возник монастырь. Но сначала в VI веке на правом берегу реки Черной на высокой скале появилось укрепление, возведенное местными племенами. Позже, когда в этой части Крыма окрепло влияние феодального княжества Феодоро, в конце бухты Северной, в устье реки Черной был основан морской порт Авлита, а для его защиты мангупскии князь Алексей заново отстроил древнее укрепление, превратив его в крепость Каламиту.
Вот здесь, под защитой грозной крепости примерно в VIII-IX веках и возник пещерный монастырь. Пещеры служили первым монахам и жильем и подсобными помещениями. Храмы также устраивали в пещерах, из камня вырубали алтарь, престол, скамьи. Все помещения соединялись вырубленными в скале лестницами.
Но отношения между княжеством Феодоро и генуэзскими колониями не были мирными. Стремясь укрепить свое господство на море, феодориты в 1433 году захватили Чембало (Балаклаву). Через год войска генуэзцев под командованием Ломеллино вновь овладели Чембало и осадили Каламиту. Ее жители решили сдаться при условии, что им сохранят жизнь. Генуэзцы согласились, однако утром крепость оказалась пустой: под покровом ночи ее защитники и жители ушли. Каламита была сожжена.
В 1475 году Крым захватили турки. Они перестроили крепость и назвали ее Инкерманом, что означает "пещерная крепость". Очевидно, христианский монастырь не мог соседствовать рядом с мусульманской крепостью и постепенно пришел в упадок. Возможно, в последующие века христианская обитель возрождалась на короткое время, так как в некоторых документах упоминается церковь святого Георгия, а в 1773 году штурман русского фрегата И. Батарин обозначил на карте у подножия крепости Инкерман именно "собор святого Георгия Победоносца". О других храмах не упоминается.
В 1634 году в составе русского посольства монастырь посетил священник Иаков и его спутники, они увидели в храме нетленные мощи, достали их из гробницы и омыли теплой водой, при этом они покраснели, как у живого человека. Послы узнали, что татары несколько раз выносили их из церкви, но наутро они вновь оказывались на прежнем месте.
В 1778 году после исхода христиан из Крыма монастырь опустел окончательно. Упоминание о нем осталось только в названии скалы - Монастырская.
Возрождение древней обители началось после присоединения Крыма к России. Инкерманская киновия была открыта в 1850 году. В1852 года была освящена церковь во имя священномученика Климента (в средние века именно этот храм назывался Георгиевским). Предание утверждает, что сам Климент вырубил ее в скале. Храм имел форму базилики, когда-то два ряда колонн делили пространство церкви на три нефа. До наших дней сохранилась только часть колонн.
Через два года после открытия монастыря началась Крымская война. Здесь, у Черной речки происходили жестокие бои. 24 октября 1854 года союзная армия обстреляла крепость Каламиту, в которой расположились русские войска. Серьезно пострадал и монастырь. Но лишь война закончилась, в киновии поселились два послушника и иеромонах, Они очистили храмы от ядер и возобновили Богослужения.
В 1867 году построили дом настоятеля и домовую церковь, которую освятили во имя Святой Троицы, отреставрировали источник святого Климента. В 1895 году в обители построили новый храм в византийском стиле. Архитектурной особенностью этого храма, освященного во имя святого великомученика и целителя Пантелеймона, было то, что алтарную часть вырубили в скале, остальная часть храма была наземная, Его посвятили чудесному событию: спасению императорской семьи у станции Борки 17 октября 1888 года.
В 1905 году в монастыре появилось сразу несколько храмов. Один из них устроили на месте средневекового пещерного храма святого Евграфия и освятили во имя святого священномученика Димитрия Солунского. На верхнем плато в то же время закончили строительство храма во имя святого Николая Чудотворца Мирликийского. К 1910 году архитектурный облик Инкерманского монастыря сложился окончательно.
Древний монастырь привлекал внимание царской семьи. Первой его посетила Екатерина II во время своего путешествия по Крыму в 1787 году. После восстановления монастыря в 1868 году в нем побывал Великий князь Алексей Александрович, в 1871 году - наследник Александр Александрович (будущий император Александр III), а в 1872 году Великая княжна Мария Александровна.
В годы гражданской войны монастырь поддержал белую армию барона Врангеля. После установления советской власти в Крыму все земли обители были отняты. В 1926 году были закрыты Георгиевский и Инкерманский монастыри. Собор святого Николая на верхнем плато уничтожили в 1932 году. Часовню, построенную на могиле воинов, погибших в Инкерманском сражении, передали детскому саду, но в 1927 году ее тоже разобрали. В 1928 году закрыли храм иконы "Всех скорбящих Радосте".
Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря разместился штаб 25-ой Чапаевской дивизии Приморской армии. Во время Второй обороны Севастополя в июне 1942 года солдаты этой дивизии на Инкерманских высотах старались сдержать врага, рвавшегося к городу. После войны погибшим воинам поставили памятник.
Пещерные храмы монастыря и крепость Каламита привлекали внимание археологов, посещали их и туристы. После осмотра Каламиты по лестнице, высеченной в скале, они спускались в пещерные храмы. Под обрывом скалы видели наземные постройки монастыря; дом игумена, разрушенную церковь, гостиницу.
Возрождение Инкерманского Свято-Климентовского монастыря началось в 1991 году и шло довольно успешно благодаря неусыпным заботам архимандрита Августина (в миру Александра Половецкого), Этот удивительный человек целью своей жизни видел восстановление православных святынь Крыма и много трудов положил на это.