В Керчи сохранилась одна из самых древних церквей Крыма. Предполагают, что храм был построен в VIII-IX веке, подтверждением тому служит греческая надпись на одной из колонн, поддерживающих свод храма: "Здесь покоится раб Божий, сын Георгия. Преставился месяца мумия 3 (дня) часа 10 (в лете) от Адама 6260 (от Р. X. 752)". В кладке храма обнаружены амфоры VIII-IX века, их использовали в качестве голосников.
О храме говорится в надписи так называемого "Тмутараканского камня", который хранится в Эрмитаже: "В лето 1576 г, Бениндикта 6 Глеб князь мерил море по леду от Тмутараканя до Кърчева 10000 и 4000 сажен". В те далекие времена храм стоял у самого берега моря. Строители придали храму необычный, и потому незабываемый облик. Стены они возвели из белых известняковых блоков, чередующихся с рядами красного кирпича. Это крестово-купольный трехапсидный храм с полусферическим куполом на высоком барабане. Он был освящен в честь святого Иоанна Предтечи и Крестителя Христова.
Иоанн Предтеча родился от благочестивых родителей священника Захария и Елизаветы. Его рождение было предсказано Архангелом Гавриилом. Вскоре после рождения Христа царь Ирод, боясь грядущего Мессии, приказал убить всех младенцев в Вифлееме. Чтобы спасти сына, святая Елизавета скрылась с ним в пустыне, а праведный Захария отказался открыть посланцам царя место их пребывания и был убит. Иоанн Предтеча в дикой пустыне готовил себя к великому служению строгой жизнью, постом, молитвой и состраданием к судьбам народа Божия. Святому Иоанну был голос Божий, и он пришел к людям и начал проповедовать, подготовляя народ к принятию Спасителя: "Покайтесь, ибо приблизилось Царство Небесное". На реке Иордан он крестил приходивших к нему крещением покаяния. За то, что от него принял крещение Иисус Христос, Иоанна стали называть Крестителем Господним.
Во дворе древнего храма сохранилась каменная плита с углублением, напоминающим человеческий след. Предание утверждает, что это след самого Иоанна Предтечи.
Храм состоит из двух частей: древней церкви и пристройки, сделанной в XIX веке. В путеводителе Г. Москвича храм Иоанна Предтечи описан так: "Церковь ниже уровня земли и потому для входа в нее устроена лестница в восемь ступеней. Внутри древнего храма тяжелый свод поддерживается четырьмя темно-серыми колоннами с красивыми капителями коринфского стиля. Иконы Спасителя и Богоматери - замечательны своей древностью и весьма старинной живописью, но наибольшей древностью отличается храмовая икона святого Иоанна Предтечи, поставленная в особом киоте у правой стороны солеи. Из древних предметов достойны внимания - деревянная чаша, относимая к VI веку, с едва заметными изображениями Спасителя, Богоматери, святого Иоанна Предтечи и Распятия, две серебряные чаши - одна XVI-XVII века, а другая - конца XVIII", В церковной библиотеке хранились два манускрипта, написанные на греческом языке: Евангелие XI века и Апостол, его относили к XII-XIII веку.
Древний храм был небольшой, поэтому в 1834 году разобрали нартекс и западную стену и пристроили трехнеф-ный притвор в псевдовизантийском стиле. В 1845 году к церкви пристроили еще двухъярусную колокольню, а позже северный притвор. Во время реконструкции храма в 30-х годах XIX века под куполом храма были обнаружены фрески, на которых изображены два святых. Академик И. Грабарь предположил, что они написаны учениками известного художника средневековья Феофана Грека.
В советское время храм Иоанна Предтечи был объявлен памятником архитектуры. Его не разрушали, но и не берегли особо. Здание ветшало, крестов на нем давно не было, купол постепенно разрушался, но оно все равно привлекало внимание туристов. В 60-е годы вокруг храма возник рынок, где торговали рыбой. Запах свежей рыбы, крики продавцов, расхваливающий свой товар: черноморскую кильку, жирных бычков, нежную барабульку и осетров, и над всем этим - храм. С выбитыми окнами, с кустарником, выросшим на стенах и крыше, он являл в те годы печальное зрелище.
Наконец, в 70-х годах решено было реставрировать храм, Архитектор Е, Лопушинская стала автором проекта реконструкции. Восстановление древней церкви оказалось делом нелегким и долгим. Чтобы не рухнули остатки купола и барабан, сделали металлический каркас, поддерживающий их. Сначала отреставрировали стены пристроек и колокольни. А в 1972 году начали возрождать древний храм, Художники старались сохранить все древние детали, заменяя лишь те, что совсем разрушились. Но и тут не обошлось без трудностей. Реставраторам пришлось изучать древние образцы черепицы, плинфы - плоского и широкого кирпича, и изготавливать такие же. Подобрали такой же камень-известняк, из которого двенадцать столетий назад был построен храм. Художники закрепили росписи и остатки древней штукатурки. Вокруг южного и восточного фасадов древнего храма до первоначального уровня понизили поверхность земли. На куполе установили крест, несмотря на то, что разрешения на это не было.
После реставрации в храме была открыта лапидарная коллекция музея. Только в 90-х годах древний храм Иоанна Предтечи был возвращен церкви, сегодня в нем совершаются богослужения.