В 1899 году греческая община города Евпатории обратилась в Думу с просьбой выделить землю под строительство храма. Несмотря на то, что в этом году освятили собор святого Николая, возникла необходимость еще в одном храме для православного населения. В 1901 году участок земли в 600 квадратных саженей был бесплатно передан общине. К 1907 году подготовили проект храма, его автором стал городской архитектор А. Л. Генрих.
Строительство церкви началось 6 июня 1911 года, а 30 июня 1918 года новый храм освятили в честь пророка Илии. Итак, из-за недостатка средств устройство храма затянулось почти на десять лет, а закончилось в канун новой эпохи, когда начались гонения на Церковь. Храм построен в греко-византийском стиле, в плане в виде креста. Купол покоится на восьмигранном барабане, каждая грань которого заканчивается фронтоном, Украшают храм тонкие пилястры, полуциркульные арки, тройные окна с витражами. С восточной стороны расположена пятигранная апсида, главный вход оформлен в виде арки, опирающейся на две полуколонны.
Трехъярусная колокольня Илиинского храма была разобрана в 60-х годах и восстановлена недавно.
После революции церковь оставалась действующей. Ее прихожане были греческими подданными, поэтому власть не сразу применила силовые приемы. Сначала решили, что колокольный звон - явление неприемлемое для социалистической действительности, поэтому сняли колокола на глазах у пораженных прихожан. Община решила защищать свой храм, для этого отправила в Москву к греческому консулу письмо с просьбой о помощи. Отвез письмо председатель церковной двадцатки Савва Федорович Кириакиди. Это обращение привело власти Евпатории в ярость, они обвинили греческую общину в клевете. В 1936 году договор с греческим обществом расторгли из-за того, что прихожане не сумели отремонтировать здание. Впрочем, у государства денег тоже не нашлось, и храм закрыли.
Со дня открытия и до своего ареста священником в Свято-Ильинском храме был Елеазар Спиридонович Спиридонов. Он родился в Евпатории в семье крымскихгреков. С 1894по 1900 год работал учителем в церковно-приходской школе. Его духовным наставником и добрым другом был священник Иаков Чепурин, стараниями которого появился в городе величественный Свято-Никольский собор. Отец Иаков обвенчал Елеазара Спиридонова с Ксенией Ивановной Янковой. В 1899 году Елеазар Спиридонович был рукоположен В священный сан Таврическим епископом Николаем (Зиоровым). Первый свой приход молодой священник получил В селении Керменчик, В семье Спиридоновых родились три дочери - Вера, Мария, Надежда, которых отец Елеазар воспитывал в религиозном духе, с детства приучал к молитве и церковным службам.
В 1919 году семья переехала в Евпаторию, где к тому времени построили Свято-Ильинский храм. Отец Елеазар стал его священником. Прихожане любили его за кроткий нрав, доброту и бескорыстие.
В конце 20-х годов отец Елеазар подружился с духовным писателем и фотографом Иваном Васильевичем Поповым, который несколько раз снимал царскую семью в Ливадии. Удивительным человеком была его мать схимонахиня Евгения Попова. Будучи парализованной, она не жаловалась на судьбу, а глубоко веровала в Бога. Со всего Крыма приезжали к ней за советом и утешением. Многие, увидев парализованнную матушку Евгению, становились на колени и тогда лишь говорили о своих печалях. Схимонахиня Евгения обладала даром предвидения, многим она предсказала будущее. В 1934 году матушка Евгения отошла ко Господу, отпевал ее отец Елеазар.
Но в стране наступили смутные времена, власть ополчилась против Церкви, многих священнослужителей отправили в ссылку. Сгустились тучи и над головой отца Елеазара. Неоднократно с ним проводили беседы, угрожали, предлагали доносить на прихожан, требовали снять рясу. В 1937 году отец Елеазар Спиридонович Спиридонов был приговорен к пяти годам концлагерей и отправлен на Колыму. Невыносимые условия жизни, голод, холод и тяжелый труд на руднике подорвали его здоровье. 6 декабря 1937года священник Елеазар Спиридонов, смиренно претерпев все невзгоды, отошел ко Господу, стяжав Венец исповедника.
С конца 50-х годов в бывшем Свято-Ильинском храме организовали спортзал. Сегодня колокольня и храм полностью восстановлены.
Недавно в храме случилось чудо с храмовой иконой пророка Илии. Неизвестный художник изобразил пророка по пояс, в руке он держит свиток, лицо строго, брови грозно сдвинуты, седые волосы и бороду развевает ветер. Когда Илиинский храм закрыли, икона хранилась в Свято-Никольском соборе. После того как храм отреставрировали, икона с особой любовью и торжеством была перенесена в свой родной храм.
В 1999 году в праздник Святой Троицы пономарь пришел в храм очень рано. Прикладываясь к иконе пророка Илии, он увидел, как в лучах утреннего солнца на стекле, прикрывавшем икону, четко проступили контуры, повторяющие изображение пророка на иконе. Об увиденном пономарь сообщил настоятелю, и икона была перенесена в алтарь. Во время праздничной службы контуры на стекле стали более четкими, а к концу праздника можно было увидеть лик пророка Илии.
П 1999 году в праздник Святой Троицы пономарь пришел в храм очень рано. Прикладываясь к иконе пророка Илии, он увидел, как в лучах утреннего солнца на стекле, прикрывавшем икону, четко проступили контуры, повторяющие изображение пророка на иконе. Об увиденном пономарь сообщил настоятелю, и икона была перенесена в алтарь. Во время праздничной службы контуры на стекле стали более четкими, а к концу праздника можно было увидеть лик пророка Илии.
Теперь в Илиинском храме ежедневно в 9 часов прихожане вместе с духовенством совершают чтение акафиста пророку: "Святый Пророче Божий Илие, моли Бога о нас".