Зую заснували після приєднання Криму до Росії, за однією версією, вихідці з центральних губерній імперії, за іншою - відставні солдати. Селяни, тільки-но влаштувавшись на новому місці, звернулися до губернатора і архієпископа Катеринославському, Херсонському і Таврійському з проханням дозволити будівництво церкви на честь Миколи Чудотворця, одного з найбільш шанованих християнами святих. У 1831 році храм в Зує нарешті збудували, він діяв сорок років, занепав і був розібраний у 1871 році, а в 1884 році побудована парафіянами нова церква і освячена також в ім'я святителя Миколая.
Після встановлення радянської влади для Свято-Микільського храму знову настали важкі часи. Політика нової держави була спрямована на боротьбу з релігією, церкви повсюдно закривали. До кінця 20-х років антирелігійна кампанія з новою силою розгорнулася в країні. Потрібен був привід, щоб закрити Нікольський храм у Зуя, і він був знайдений. Будівля постраждала від сильного землетрусу 1927 року, з'явилися тріщини в стінах і куполі, в склепінні купола утворилася наскрізна тріщина, що розділила весь будинок на дві половини. У серпні 1929 року комісія обстежила храм і визнала, що воно знаходиться в аварійному стані. На ремонт за складеної кошторисі потрібно було 8000 рублів. Згідно з угодою парафіяни самі повинні були проводити ремонтні роботи, але таких грошей не було, тому храм у них відібрали. Але й цього видалося замало, причт Зуйский церкви звинуватили в організації антирадянських виступів, замаху на життя голови сільради Гри-щенко і здійсненні вбивства комсомольця Петра Вербівське. Постановою Президії Кримського ЦВК від 25 грудня 1929 храм був закритий, за пропозицією комсомольців у ньому влаштували клуб.
Знову відновилися богослужіння в Микільської церкви після війни і тривали двадцять років. Потім її знову закрили, влаштувавши спочатку склад, потім спортзал і бібліотеку.
У 1991 році Свято-Микільський храм у Зує був переданий Української Православної Церкви Московського Патріархату. За допомогою прихожан стали відновлювати стару церкву, однолітку Зуі.