У 1899 році грецька громада міста Євпаторії звернулася до Думи з проханням виділити землю під будівництво храму. Незважаючи на те, що цього року освятили собор святого Миколая, виникла необхідність ще в одному храмі для православного населення. У 1901 році ділянку землі в 600 квадратних сажнів було безкоштовно передано громаді. До 1907 підготували проект храму, його автором став міський архітектор А. Л. Генріх.
Будівництво церкви почалося 6 червня 1911, а 30 червня 1918 новий храм освятили на честь пророка Іллі. Отже, через нестачу коштів пристрій храму затягнулося майже на десять років, а закінчилося в переддень нової епохи, коли почалися гоніння на Церкву. Храм побудований у греко-візантійському стилі, в плані у вигляді хреста. Купол спочиває на восьмигранному барабані, кожна грань якого закінчується фронтоном, Прикрашають храм тонкі пілястри, напівциркульні арки, потрійні вікна з вітражами. Зі східного боку розташована п'ятигранна апсида, головний вхід оформлений у вигляді арки, що спирається на два напівколони.
триярусна дзвіниця Іліінского храму була розібрана в 60-х роках і відновлена недавно.
Після революції церква залишалася діючою. Її парафіяни були грецькими підданими, тому влада не відразу застосувала силові прийоми. Спочатку вирішили, що дзвони - явище неприйнятне для соціалістичної дійсності, тому зняли дзвони на очах у уражених парафіян. Громада вирішила захищати свій храм, для цього відправила до Москви до грецького консулу лист з проханням про допомогу. Відвіз лист голова церковної двадцятки Сава Федорович Кіріакіді. Це звернення призвело влади Євпаторії в лють, вони звинуватили грецьку громаду в наклепі. У 1936 році договір з грецьким суспільством розірвали з-за того, що парафіяни не зуміли провести ремонт будівлі. Утім, у держави грошей теж не знайшлося, і храм закрили.
З дня відкриття і до свого арешту священиком у Свято-Іллінському храмі був Елеазар Спиридонович Спиридонов. Він народився в Євпаторії в сім'ї кримскіхгреков. З 1894по 1900 працював учителем у церковно-парафіяльній школі. Його духовним наставником і добрим другом був священик Яків Чепурин, стараннями якого з'явився в місті величний Свято-Нікольський собор . Отець Яків повінчав Елеазара Спиридонова з Ксенією Іванівною Янковой. У 1899 році Елеазар Спиридонович був висвячений У священний сан Таврійським єпископом Миколаєм (Зіоровим). Перший свій прихід молодий священик отримав У селищі Керменчик, В сім'ї Спиридоновим народилися три доньки - Віра, Марія, Надія, яких батько Елеазар виховував у релігійному дусі, з дитинства привчав до молитви і церковним службам.
У 1919 році родина переїхала до Євпаторії, де на той час побудували Свято-Іллінський храм. Батько Елеазар став його священиком. Парафіяни любили його за лагідний характер, доброту та безкорисливість.
Наприкінці 20-х років батько Елеазар подружився з духовним письменником і фотографом Іваном Васильовичем Поповим, який кілька разів знімав царську сім'ю в Лівадії. Дивним людиною була його мати схимонахині Євгенія Попова. Будучи паралізованою, вона не скаржилася на долю, а глибоко вірили в Бога. З усього Криму приїжджали до неї за порадою і розрадою. Багато хто, побачивши паралізованнную матінку Євгенію, ставали на коліна і тоді лише говорили про свої печалях. Схимонахині Євгенія володіла даром передбачення, багатьом вона передбачила майбутнє. У 1934 році матінка Євгенія відійшла до Господа, відспівував її батько Елеазар.
Але в країні настали смутні часи, влада не подобається проти Церкви, багатьох священнослужителів відправили на заслання. Згустилися хмари і над головою батька Елеазара. Неодноразово з ним проводили бесіди, погрожували, пропонували доносити на парафіян, вимагали зняти рясу. У 1937 році батько Елеазар Спиридонович Спиридонов був засуджений до п'яти років концтаборів і відправлений на Колиму. Нестерпні умови життя, голод, холод і важка праця на руднику зашкодили його здоров'ю. 6 грудня 1937года священик Елеазар Спиридонов, смиренно переживши всі негаразди, відійшов до Господа, стежив Вінець сповідника.
З кінця 50-х років у колишньому Свято-Іллінському храмі організували спортзал. Сьогодні дзвіниця і храм повністю відновлені.
Нещодавно в храмі сталося диво з храмової іконою пророка Іллі. Невідомий художник зобразив пророка по пояс, у руці він тримає сувій, обличчя строго, брови грізно зрушені, сиве волосся і бороду розвіває вітер. Коли Іліінскій храм закрили, ікона зберігалася в Свято-Нікольському соборі. Після того, як храм відреставрували, ікона з особливою любов'ю і торжеством була перенесена в свій рідний храм.
У 1999 році на свято Святої Трійці паламар прийшов до храму дуже рано. Прикладаючись до ікони пророка Іллі, він побачив, як в променях вранішнього сонця на склі, що прикривав ікону, чітко проступали контури, що повторюють зображення пророка на іконі. Про побачене паламар повідомив настоятелю, і ікона була перенесена до вівтаря. Під час святкової служби контури на склі стали більш чіткими, а до кінця свята можна було побачити лик пророка Іллі.
П 1999 році в свято Святої Трійці паламар прийшов до храму дуже рано. Прикладаючись до ікони пророка Іллі, він побачив, як в променях вранішнього сонця на склі, що прикривав ікону, чітко проступали контури, що повторюють зображення пророка на іконі. Про побачене паламар повідомив настоятелю, і ікона була перенесена до вівтаря. Під час святкової служби контури на склі стали більш чіткими, а до кінця свята можна було побачити лик пророка Іллі.
Тепер в Іліінском храмі щоденно о 9 годині парафіяни разом з духовенством здійснюють читання акафіста пророка: "Святий Пророче Божий Іліє, моли Бога за нас".