Особливо цікава історія середньовічного православного храму Іоанна Предтечі.
Своїм архітектурним виглядом він схожий з вірменськими церквами XIII-XIV століть: квадратна в плані будівля, увінчана куполом на восьмигранному барабані з вузькими вікнами. Пізніше церква перебудовувалася: з боку головного входу прибудували досить місткий приміщення, розділене стовпами на три нави, перекриті склепіннями з спираються на консолі арками. Завдяки цьому храм міг приймати більшу кількість прихожан. Минаючи похмурий прибудову, віруючі потрапляли у високий, світлий купольний зал. Він був чудово прикрашений: з боків напівкруглою апсиди стояли в повний зріст фігури Іоанна Хрестителя і Миколи Чудотворця, вирізані з каменю. Урочисті, освітлені сонячним світлом, вони справляли на відвідувачів незабутнє враження. У верхній частині апсиди містилося зображення Христа і дванадцяти апостолів.
Час безжально до будівель, але ще наприкінці XIX століття єпископ Таврійський і Сімферопольський Гермоген бачив внутрішнє оздоблення церкви таким: «У церкві чудові древні, вибиті на стінах зображення: на горнем місці - Спасителя, а по боках Його - 12 апостолів , по 6 на кожній, на жертівнику - Іоанна Хрестителя з ягням на руках, на південній стіні - святителя Миколая Чудотворця з книгою в руці, під куполом - лик Господа, біля входу в храм на північній стороні - святого великомученика Георгія на коні. Храм невеликий, але дуже готується ...». Храм був розписаний дивно красивими фресками, фрагменти яких збереглися до наших днів. У 1927 році середньовічні храми Феодосії оглядала реставраційна комісія, до складу якої входив російський художник і мистецтвознавець І. Е. Грабар. Він припустив, що деякі фрески храму Іоанна Предтечі належать пензлю знаменитого візантійського живописця Феофана Грека (1340-1405), видатного майстра фрески, іконопису, мініатюри. У 70-ті роки XIV століття він працював у Росії. Збереглися виконані ним ікони в Благовіщенському соборі в Москві і фрески церкви Спаса на Ільїна в Новгороді.
З храмом Іоанна Предтечі пов'язана ще одна історична подія, ще одне ім'я. Восени 1474 року в Кафу прибув російський мандрівник Афанасій Нікітін, який повертався на батьківщину до Твері з далекої Індії. У «Ходінні за три моря» він писав: «Море перейшли, занесло нас до Балаклави, і звідти пішли в Гурзуф, і стояли ми там п'ять днів. Божою милістю прийшов я в Кафу за дев'ять днів до Філіппова посту (Богтворец!). Милістю Божою пройшов я три моря ». У той час причал і головні ворота міста перебували у генуезької фортеці. Тому, що відбулося після, немає документальних підтверджень, але переказ стверджує, що Афанасій Нікітін побачив церкву Іоанна Предтечі і почув спів молитов. Оскільки відважному мандрівникові довгий час довелося жити серед людей, які сповідували буддизм і мусульманство, то він з радістю молився у храмі, завдяки Бога про своє благополучне повернення.
В 1475 році Кафу захопили турки. Мусульманська релігія стала основною, хоча в багатонаціональному місті діяли храми різних релігійних конфесій. Але, очевидно, з плином часу церква Іоанна Предтечі прийшла в запустіння, змінилося і її назву, тепер вона стала Карантинною. У 1887 році єпископ Таврійський і Сімферопольський Гермоген писав: «Карантинна церква, з дикого каменю, на честь ікони Іверської Божої Матері - в південно-східній частині Феодосії, у Карантинній слобідці, населеної здебільшого відставними нижніми військовими чинами і робітниками. Час побудови церкви невідомо, але, безсумнівно, вона існує з часу панування Генуї у Феодосії. Священик Карантинній варти Микола Трегубов за допомогою благодійників відновив її в 1858 році і освятив 31 серпня. У 1875 році Рукавишников пофарбував її і пожертвував три ікони в кіотах за склом ». Храм був освячений на пам'ять Іверської ікони Божої Матері.
У цьому храмі у 1906 році вінчалися Костянтин Федорович Богаєвський і Жозефіна Дуранте. К. ф. Богаєвський (1872-1943), відомий російський художник-«кіммеріец», народився у Феодосії і жив у Карантині, тут же знаходилася його майстерня. Храм ікони Іверської Божої Матері був його улюбленим.
У грізні революційні роки поряд з храмом було розстріляно близько 7000 білих солдатів і офіцерів.
У 30-і роки XX століття храм був закритий і фактично покинутий. Незважаючи на те, що за радянських часів на Карантині створили історико-архітектурний заповідник, який охоронявся законом, храм почав руйнуватися і ледве не загинув. Через суперечки між проектним інститутом і органами архітектури реставраційні роботи не велися сім років. Тим часом вода через дірки в продірявився даху залила стіни і пошкодила стародавні фрески, підлога була вкрита купами сміття й мокрого грунту. Слава Богу, що знайшлися небайдужі люди - архітектори, мистецтвознавці, музейні працівники, які змогли переконати владу у необхідності терміново врятувати храм. Реставраційні роботи консультував архітектор і скульптор Валерій Замеховська. Були проведені дренажні роботи, рівень землі знизили на 60-70 сантиметрів, церковний двір вимостили каменем. Допомагали і майбутні парафіяни храму, вони виносили з церкви сміття, прикрашали двір квітниками. Реставрація храму закінчилася в 1996 році, і він був повернутий віруючим.
На третій день Пасхи Православна Церква згадує чудотворну ікону Іверської Божої Матері. У 829 році у Візантії почав своє правління імператор-іконоборец Феофіл. По всій країні прокотилася нова хвиля гонінь на ікони. Поблизу Нікеіжіла бідна вдова-християнка. Боячись, що її образ Божої Матері потрапить в руки до іконоборцями, вона опустила ікону в морі. І тут сталося диво: підтримуваний невідомою силою, образ став і помчав по хвилях. 31 березня 999 року ця ікона з'явилася на Афоні, поблизу Іверської обителі. Іверської подвижник преподобний Гавриїл «немокреннимі стопами, яко посуху» вийшов по хвилях і удостоївся прийняти святиню. Ікону поставили у вівтарі, але вона знову і знову опинялася над воротами обителі, тому друга назва ікони - «Вратарницею». Іверська ікона Божої Матері засяяла і в Криму. Восени 1648 року через Одесу і Тавриду з Афону везли список ікони до Москви.
Цікаво переказ, пов'язане з іконою Іверської: перед другим пришестям Христовим Іверська ікона має залишити Афонську гору, що стане особливим знаком для насельників, щоб вони пішли звідти. Щоб уникнути наруги афонських святинь вся гора Афонська піде під воду.