Особливо красивий собор в ім'я святителя Миколи Чудотворця, розташований в центрі міста. Г. Москвич у своєму путівнику відзначає, що євпаторійський собор - це мініатюрна копія Святої Софії в Константинополі. Але таким величним Миколаївський храм став не відразу.
Перший храм був побудований греками в кінці XVIII століття і освячений в ім'я святителя Миколая, покровителя мореплавців і торговців. З часом він став тісний для прихожан, тому у 1806 році спорудили новий кам'яний, покритий черепицею. Цей храм сильно постраждав в роки Кримської війни: була зруйнована дзвіниця, розбиті дзвони, знищено іконостас, церковні книги і архів. Завдяки особистій мужності священика Іоанна Манжела і віротерпимості, виявлену з боку турецького командування, врятували церковне начиння, її разом з іконостасом вивезли до Одеси. Сам священик залишився в окупованому місті і підтримував своїх парафіян. У соборі проводили католицьке богослужіння. Після війни стало зрозуміло, що храм треба перебудовувати, так як він постарів та й православне населення Євпаторії збільшилася, і храм став малий. Вирішили новий собор звести в пам'ять про звільнення Євпаторії від англо-франко-турецьких військ під час Кримської війни. Ініціатором будівництва нової церкви став протоієрей Яків Чепурин.
Урочиста закладка собору відбулася 11 липня 1893 за участю Преосвященного Мартініана, єпископа Сімферопольського і Таврійського. А освячено новий храм був 16 лютого 1899 Преосвященним Никоном, єпископом Вольським. Собор був побудований поруч зі старою церквою, в якій всі ці роки велися Богослужіння.
Соржественная закладання собору відбулася 11 липня 1893 за участю Преосвященного Мартініана, єпископа Сімферопольського і Таврійського. А освячено новий храм був 16 лютого 1899 Преосвященним Никоном, єпископом Вольським. Собор був побудований поруч зі старою церквою, в якій всі ці роки велися Богослужіння.
Собор вражала парафіян яскравою обробкою. Розписи куполів, склепінь і стін храму належать викладачам гімназії Віталію Васильовичу Соколовському та Сергію Строєва. Іконостас виконав флорентійський різьбяр Ваннукі. Купол вінчав бронзовий з позолотою хрест, створений художником Б. В. Едуардса в Одесі. Миколаївський собор вміщав 2000 чоловік. У храмі освячено три престолу, центральний в ім'я святителя Миколая Мирлікійського Чудотворця. У престолі святого благовірного князя Олександра Невського зберігалися російські хоругви часів Кримської війни. У конхи по обидві сторони від святого Олександра Невського зображені свята рівноапостольна княгиня Ольга і святий рівноапостольний князь Володимир. Лівий престол освячений в ім'я апостола Якова, сина Якова, зображеного тут же в конхи. По обидві сторони від нього - лики святого Якова, брата Господнього, і апостола Андрія Первозванного.
У 1916 року Свято-Миколаївський собор відвідав імператор Микола II з сім'єю. У храмі було відслужено молебень і проголошено многоліття царського дому і всього російського зорям.
У роки радянської влади доля собору змінювалася не один раз. Він кілька разів закривався і відкривався знову, в різні часи тут розміщувалися то художня майстерня, то склад для зберігання пшениці. Через це чудове оздоблення собору було втрачено. А сам він ледве уникнув загибелі під час Великої Вітчизняної війни: храм не встигли підірвати.